È stato implementato un approccio metodologico basato sulla PCR multiplex di trascrizione inversa (Reverse Transcription, RT) seguita dal sequenziamento di nuova generazione (Next-Generation Sequencing, NGS) per identificare contemporaneamente più virus respiratori a RNA.
È stato analizzato un campionamento di convenienza dalla sorveglianza respiratoria e dalla diagnosi di SARS-CoV-2 nel 2020 e nel 2021 a Montevideo, in Uruguay.
I risultati hanno rivelato la cocircolazione di SARS-CoV-2 con
- Rinovirus umano (human RhinoVirush, hRV) A, B e C,
- Virus respiratorio sinciziale umano B (human Respiratory Syncytial Virus, hRSV),
- Virus dell’influenza A e
- Metapneumovirus B1.
Negli adulti e/o nei bambini sono state identificate coinfezioni da SARS-CoV-2 con hRV o hRSV B e coinfezioni da virus dell’influenza A con hRV C.
Questa metodologia combina i vantaggi dell’amplificazione genomica multiplex con la sensibilità e le informazioni fornite da NGS.
Un vantaggio è che possono essere incorporati bersagli virali aggiuntivi, rendendolo uno strumento utile per studiare la cocircolazione e le coinfezioni dei virus respiratori in contesti pandemici e post-pandemia.
Arch Virol. 2023 Feb 14;168(3):87. Leggi l’articolo (FREE)
A multiplex-NGS approach to identifying respiratory RNA viruses during the COVID-19 pandemic